全劇圍繞著小旦崔芙蓉與小生王庭飛、柳筠卿兩人剪不斷、理還亂的三角戀發展。崔芙蓉與王庭飛不但是表兄妹，且指腹為婚。男大當婚，女大當嫁，一切看似順理成章，不料，芙蓉為母祈福返家途中，於曲江巧遇柳筠卿，原本理所當然的事情，瞬間灰飛煙滅。崔母王雲霏憶起年少時，與情郎陽君澈被強行拆散的往事，為了不讓芙蓉舊事重演，明裡橫心咬牙誑上王家，暗助芙蓉與筠卿避居他處完婚拜堂。崔母內外煎熬，終於撒手人寰；筠卿偕芙蓉奔喪，卻看庭飛靈堂前執禮如儀，三人皆是五味雜陳。

官府堂上，柳筠卿與王庭飛雖皆主張崔芙蓉是自己的妻子，無奈芙蓉最終仍判歸王家。三年過去，庭飛守著相敬如賓的妻子，能就此終老也感寬慰，可百鳥朝鳳，仍鳳去樓空。看著已被嚴密看守的京城，芙蓉貼身女婢輕紅為救主，甘願現身就範。面對芙蓉的求情，庭飛卻無法接受一再的背叛，下令將之禁閉。但苦苦追尋的庭飛終究如土，於遇水方才明艷的芙蓉，筠卿才是歸宿，只能日趨凋零；庭飛直到與筠卿相對，終知一切皆如鏡花水月。

《芙蓉歌》中幾位主人翁包括柳生、王郎、芙蓉、輕紅，甚至崔母都各有執著，然終生的愛戀痴纏，究竟似輕煙一縷，只剩花開花謝而已。以濃烈的情感起始，歷經漫長的追逐，最終結果卻如曇花一現。全劇雖闡述忠於自我的愛情觀，結局卻導向莊周夢蝶般的真實虛無，極富道家思想與意境。